通過一組相關的基因或者蛋白質(zhì)的多序列比對或其他性狀,可以研究推斷不同物種或基因之間的進化關系。
認為分子進化速率是恒定的或者幾乎恒定的假說,從而可以通過分子進化推斷出物種起源的時間。
通過序列的相似性檢索得到許多相似性序列,將這些序列做一個總體的比對,以觀察它們在結構上的異同,來回答大量的生物學問題。