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如果限制性內(nèi)切核酸酶的識別位點(diǎn)位于 DNA分子的末端,那么接近末端的程度也影響切割,如 HpaⅡ和 MboI要求識別序列之前至少有一個(gè)堿基對存在才能切割。
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限制性內(nèi)切核酸酶在 DNA中的識別/切割位點(diǎn)的二級/三級結(jié)構(gòu)也影響酶切效率。一般來說,完全切割質(zhì)?;虿《?#160;DNA,要比切割線狀 DNA需要更多的酶,最高的需要 20倍。
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限制與修飾現(xiàn)象是宿主的一種保護(hù)體系,它是通過對外源 DNA 的修飾和對自身 DNA的限制實(shí)現(xiàn)的。
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